COVID-IHU # 14

Version 1 du 14 mai 2020 

Isolement automatisé à grande échelle et à grande vitesse du SARS-CoV-2 à partir d'échantillons cliniques utilisant une coculture miniaturisée couplée à un criblage à haut contenu

Rania Francis, Marion Le Bideau, Priscilla Jardot, Clio Grimaldier, Raoult Didier, Jacques  Yaacoub Bou Khalil et Bernard La Scola

Résumé :

Le SRAS-CoV-2, un nouveau coronavirus infectant l'homme, est responsable de la pandémie mondiale actuelle de COVID-19. Si plusieurs souches pouvaient être isolées dans le monde, en particulier pour les cultures in vitrotests de sensibilité aux médicaments et développement de vaccins, peu de laboratoires isolent régulièrement le SRAS-CoV-2. Cela est dû au fait que la stratégie de co-culture actuelle prend beaucoup de temps et nécessite de travailler dans un laboratoire de niveau 3 de biosécurité. Dans ce travail, nous présentons une nouvelle stratégie basée sur la microscopie automatisée de dépistage à haut contenu (HCS) permettant l'isolement à grande échelle du SARS-CoV-2 à partir d'échantillons cliniques en 1 semaine. Un panel randomisé de 104 échantillons, dont 72 testés positifs par RT-PCR et 32 testés négatifs, ont été traités avec notre procédure HCS et ont été comparés à la procédure d'isolement classique. Le taux d'isolement était de 43% avec les deux stratégies sur des échantillons positifs pour la RT-PCR, et était corrélé avec la charge virale d'ARN initiale dans les échantillons, où nous avons obtenu un seuil de positivité de Ct.

Les délais de co-culture étaient plus courts avec la stratégie HCS, où 80% des échantillons positifs ont été récupérés au troisième jour de co-culture, contre seulement 25% avec la stratégie classique.

De plus, seule la stratégie HCS nous a permis de récupérer tous les éléments positifs après 1 semaine de co-culture.

Ce système permet un criblage rapide et automatisé d'échantillons cliniques avec une charge de travail minimale de l'opérateur, réduisant ainsi les risques de contamination.

Lire l’article (en anglais)

Source : IHU Méditerranée Infection

"On vient sans ordonnance et ça prend une minute !" :

à Marseille, un second site de dépistage du Covid-19 ouvert dans les quartiers nord

Cette antenne délocalisée permettra de vérifier qu'il n'existe pas de "cluster" de coronavirus Covid-19 dans les arrondissements pauvres de la ville, conformément aux préconisations du Pr Raoult, que la cité phocéenne a décidé d'appliquer.

Après celui de l’IHU Méditerranée-infection, à la Timone, la Ville de Marseille a ouvert lundi matin un second site de dépistage du coronavirus Covid-19 dans les arrondissements pauvres de la commune pour vérifier qu’il n’y existe pas de foyers infectieux. Une grande partie de la population des quartiers nord, où se trouvent concentrés l’essentiel des logements sociaux, n’est pas confinée. Tout simplement car ses habitants travaillent pour la plupart dans la sécurité, ou en tant que livreur, magasinier, éboueur, brancardier, ou caissier, tous ces métiers mal payés mais essentiels.

"On vient sans ordonnance et ça prend une minute !" : à Marseille, un second site de dépistage du Covid-19 ouvert dans les quartiers nord

Cette antenne délocalisée permettra de vérifier qu'il n'existe pas de "cluster" de coronavirus Covid-19 dans les arrondissements pauvres de la ville, conformément aux préconisations du Pr Raoult, que la cité phocéenne a décidé d'appliquer.

Sous la tente, une équipe réduite. Elle est dirigée par Anne Galinier, médecin coordonnateur de l’espace santé. "On est une antenne de prélèvement délocalisée, précise le Dr Galinier,  puisqu’on sait que certains, ici, peuvent avoir du mal à se rendre dans le centre de la ville. C’est un lieu de consultation ouvert du lundi au vendredi : nous n’avons pas la possibilité de donner les soins, mais on peut faire du dépistage et de la prévention."

Au moindre doute, n’importe qui peut venir se faire dépister. "J’arrive de l’étranger, témoigne ainsi un homme. J’ai été rapatrié et je n’ai toujours pas vu ma famille. Je me suis confiné tout seul dans mon appartement en attendant d’être dépisté, pour ne pas regretter quoique ce soit. J’attends les résultats pour pouvoir revivre normalement."

Marseille suit ainsi les préconisations du Pr Raoult : le dépistage est massif, 88 540 Marseillais ont déjà été testés, soit 10% de la ville.

Source : France TVInfo

Pourquoi "Covid-19" et "SARS-CoV-2" ?

Ce nouveau coronavirus a été appelé SARS-CoV-2 : SARS pour "Syndrome Aigu Respiratoire Sévère" et CoV pour "COronaVirus").

Sa maladie a été nommée Covid-19 le 11 février 2020 par l'OMS pour signifier :

"Co" signifie "corona",

"vi" pour "virus" et

"D" pour " disease" ("maladie" en anglais).

Le chiffre 19 indique l'année de son apparition : 2019.

Cliquez sur le lien https://www.mediterranee-infection.com/faq-covid-19/

Je suis allé vendredi 20 mars vers 15h, à l’Institut Hospitalier et Universitaire Méditerranée Infection à Marseille, 19 Boulevard Jean Moulin 13005 (C’est au croisement avec le Bd Baille)

Je précise que je n'avais aucun symptômes : pas de fièvre, pas de difficultés respiratoires... cependant, j'ai eu un épisode "grippal" avec maux de tête, fièvre, nez qui coule, fatigue importante, pendant 4-5 jours aux environs du 10 mars.

Je pense que c'est la seule chose qui me semble utile de faire, car si le test est positif, je me traiterais pendant 10 jours, et je préviendrai les personnes que j'ai fréquenté dans les jours précédents; et s'il est négatif, je continuerais de faire attention.

De plus, des personnes asymptomatiques mais testées positives ont déjà des lésions pulmonaires qui doivent être traitées rapidement, avant que la situation dégénère rapidement.

Comme le Pr. Didier RAOULT l’avait dit dans une vidéo sur leur site il est tout à fait possible d’y aller sans rendez-vous, pour se faire tester.

Le personnel vous accueille, vous offre un masque, et vous demande de vous laver les mains à un distributeur d’une solution hydro-alcoolique, puis de faire la queue en respectant la distance d’1,50 m.

Une des secrétaires scanne à travers la vitre votre CNI et votre Carte vital, et vous demande votre téléphone et e-mail.

Dans la minute, vous êtes appelé pour vous remettre une feuille avec des étiquettes.

Une autre personne vous demande si vous avez des symptômes de toux, ou fièvre. Pour mon cas aucun symptôme. J’ai donc un simple test avec un « coton-tige » à rentrer lentement et profondément au fond d’une narine.

Il faut coller 4 étiquettes, une sur le tube, et 3 autres sur des emplacements prévus d’une feuille sur laquelle il faut à nouveau indiquer votre e-mail et téléphone.

Le résultat du test est envoyé par e-mail s’il est négatif, et par téléphone s’il est positif.

Le délai de réponse dépend si vous avez des symptômes ou pas : 3 heures ou 72 heures.

Préconisations pour lutter contre l’infection :

1. Détection systématique,
2. Traitement (HydroxyChloroquine + Antibiotique de la famille des macrolides, l'azithromycine),
3. Isolement des personnes contaminées uniquement.

Lavage des mains avant tout, et à chaque contact potentiellement contaminant, avant même le port de masque.

Si vous ne trouvez pas de gel hydro alcoolique, achetez de l'alcool à 70° 

Mise à jour : le test était négatif.